Indexation et connexion

IBOVAL : qu’est ce que c’est ?

Intérêts de l’indexation

L’éleveur s’intéresse, chez un animal reproducteur, à ce qu’il va transmettre à ses descendants, c'est-à-dire la part de la performance qui est d’origine génétique. En effet, une performance peut être influencée par un certain nombre de facteurs non génétiques (effets du milieu : alimentation, température…), qui ne se transmettent pas des parents aux descendants.

L’évaluation de cette valeur génétique se fait grâce à l’indexation des animaux, pour des caractères ayant un intérêt technique et économique. Le calcul des index est établi à partir des performances de l’animal, en tenant compte des liens de parenté existant entre les animaux. L’indexation est ainsi une prédiction, réalisée en fonction des informations disponibles à un moment donné, et peut donc évoluer dans le temps. Un index est donné par rapport à une base de référence : si cette base change, les index peuvent également évoluer.

Les index sont ainsi un outil pour sélectionner les animaux, c'est-à-dire les classer afin de ne retenir que les meilleurs pour un caractère donné.

Proposée en 1991, IBOVAL est la méthode d’évaluation génétique des bovins de race à viande, utilisant les informations du contrôle de performances en ferme de la naissance au sevrage. L’indexation repose donc sur une gestion cohérente et nationale des données d’identification et de contrôle de performances en ferme. Elle concerne tous les élevages contrôlés en France et au Luxembourg.

Méthode

Pour qu’un index corresponde à la valeur génétique la plus probable d’un animal, il faut tenir compte de tous les facteurs qui agissent sur le résultat d’une performance

(effets génétiques et non génétiques). En effet, le potentiel génétique d’un animal s’exprimera différemment en fonction des conditions d’élevage par exemple

. Pour le calcul des index, qui sont l’estimation de la valeur génétique d’un animal, les performances doivent donc être " corrigées " des effets du milieu.

Pour ce faire, le BLUP modèle animal (Best Linear Unbiaised Predictor ou Meilleure Prédiction Linéaire non Biaisée) a été mis en place. Il permet de tenir compte des performances propres de l’animal et de sa parenté (parents, descendants, collatéraux). Un ensemble de calculs complexes permet de " distinguer " l’estimation de la valeur génétique d’un animal de l’effet de l’environnement sur ses performances.

Pour l’indexation IBOVAL, les performances en ferme collectées sont les suivantes :

- poids naissance
- poids à âge type (120 et 210 jours)
- 19 postes de pointage
- 2 notes globales : développement musculaire et squelettique

Avantage :

IBOVAL permet de distinguer les effets directs des gènes transmis à un individu par ses parents de l’effet maternel. Le poids au sevrage d’un veau, par exemple, est en effet lié à la fois au potentiel de croissance transmis par ses parents, à la valeur laitière de sa mère, et aux conditions de milieu dans lequel est élevé le veau.

 

 

En savoir plus: 

Les index IBOVAL

Il existe 6 index élémentaires et 2 index synthétiques.

FNais : Facilité de Naissance
Traduit l’aptitude à produire des veaux légers à la naissance, à partir des poids naissance enregistrés. Ainsi, plus une vache produit des veaux lourds à la naissance et plus son index FNais est mauvais (< 100).

CRsev : Croissance au Sevrage
Traduit l’aptitude d’un animal à gagner du poids entre sa naissance et son sevrage (poids à 210 jours) s’il est correctement élevé par sa mère.

DMsev : Développement Musculaire au sevrage
Traduit les aptitudes bouchères du veau au sevrage

DSsev : Développement Squelettique au sevrage
Traduit le format de l’animal au sevrage

ALait : Aptitude à l’Allaitement
Traduit l’aptitude d’une vache à bien élever son veau de la naissance au sevrage grâce à un bon potentiel laitier et à un bon comportement maternel. C’est l’effet génétique maternel sur le poids au sevrage.

VMsev :Composante mère sur le poids sevrage
Combine le potentiel de croissance (CRsev) et la valeur d’allaitement (ALait) pour traduire l’incidence de l’effet maternel sur le poids au sevrage du veau (VMsev = 0,5 CRsev + 1 ALait). C’est donc une combinaison d’effet direct et d’effet maternel.

ISEVR à Index Synthétique au sevrage
Traduit les aptitudes de croissance et de morphologie d’un animal au sevrage et combine uniquement les effets directs suivant des pondérations appropriées.
Cet index concerne tous les types d’animaux : vache, veau et taureau. Il traduit les orientations raciales définies par l’UPRA.

IVMAT à Index Valeur Maternelle au sevrage
Traduit les aptitudes d’un (futur) reproducteur à produire des veaux de bonne qualité au sevrage en combinant les index d’effets directs de l’index sevrage et l’aptitude à l’allaitement. Il intéresse en particulier les vaches et les taureaux, pères de (futures) reproductrices.

Ces valeurs génétiques sont normalisées et standardisées selon les principes suivants :

Les index sont exprimés par rapport à une valeur " repère " qui est fixée à 100. Un index inférieur à 100 témoigne d’un effet déteriorateur de l’animal pour le caractère considéré, tandis qu’un index supérieur à 100 démontre un effet améliorateur de l’animal.

La base de référence IBOVAL utilisée correspond aux veaux nés sur les 5 dernières campagnes. C’est donc une base mobile, qui évolue. Si le troupeau est connecté, les index sont exprimés en écart à la base de référence raciale. Dans le cas contraire, ils sont exprimés en écart au niveau génétique des veaux nés sur le troupeau lors de la dernière campagne.

Un taureau ne possède des index ALait, VMsev et IVMAT que s’il a au moins 15 filles en production qui ont elles mêmes au moins 25 produits. Pour les effets directs, le nombre minimal pour la publication des valeurs génétiques d’un taureau est de 25 produits contrôlés (rappelons que la précision des valeurs génétiques est appréciée par le nombre de descendants évalués).

Chacun des ces index possède un CD (coefficient de détermination) qui traduit la fiabilité de l’estimation et varie de 0 à 1. Plus le CD est proche de 1 et plus la valeur génétique de l’animal est connue avec précision. Le CD dépend de l’information considérée et de l’héritabilité du caractère (part de la variabilité qui est d’origine génétique).

Utilisation

Les schémas de sélection utilisent les index pour classer les reproducteurs mâles et femelles, leur attribuer des niveaux de qualification afin d’organiser la procréation des générations futures, c'est-à-dire assurer la création et la diffusion du progrès génétique :

- accouplements des meilleurs mâles et femelles au niveau racial pour procréer les futurs taureaux,
- accouplements pour assurer le renouvellement des femelles et la diffusion par des taureaux de monte naturelle.

Les index IBOVAL sont donnés sur la FIVA (Fiche Individuelle Vache), la FIT (Fiche Individuel Taureau), le BGTA (Bilan Génétique des Troupeaux Allaitants). Ils permettent ainsi aux éleveurs de choisir les reproducteurs mâles et de raisonner leurs accouplements. Plus globalement, l’indexation doit aider les éleveurs à trier et classer leurs animaux en fonction du profil génétique de leur cheptel, afin de choisir les reproducteurs les plus adaptés.

La connexion

Définition

Depuis 1993, l’évaluation IBOVAL des bovins allaitants, effectuée à partir des performances contrôlées en ferme jusqu’au sevrage, permet d’estimer la valeur génétique de chaque animal connu que sa performance soit contrôlée ou non. Cependant, ce qui doit intéresser les utilisateurs de cette méthode n’est pas la valeur génétique d’un animal en tant que telle, mais cette valeur par rapport à celles des autres animaux.

Il est possible de comparer les valeurs génétiques estimées des animaux vivant dans le même environnement. A l’inverse, comparer deux individus de deux milieux différents n’est possible que si les liens de parenté entre ces deux individus sont suffisants. La connexion, ou les liaisons génétique entre les troupeaux d’une même race, permet ainsi de comparer " les résultats " d’un animal par rapport à l’ensemble de la race, et non par rapport au troupeau uniquement.

Pendant plusieurs années, les modalités ont été les suivantes :

- pour être connecté sur la campagne en cours, un éleveur adhérent au contrôle de performances devait disposer d’au moins 5 produits des taureaux connecteurs (rappel : un taureau est connecteur s’il a au moins 100 produits, répartis sur au moins 30 troupeaux), pesés et pointés sur la campagne, et pris en compte dans l’indexation IBOVAL (BGTA connecté).

- les vaches et les veaux de tous les troupeaux connectés sur au moins une des 4 dernières campagnes étaient considérés comme comparables.

- au niveau des taureaux, les valeurs génétiques estimées étaient publiables si au moins 25 produits du taureau sont évalués et si au moins 10 produits sont présents dans des troupeaux campagne connectés.

Avantages et inconvenients

L’avantage de cette méthode réside dans sa simplicité. Cependant, il n’y a pas de prise en considération des autres sources de liaisons génétiques possibles, comme l’utilisation d’autres mâles d’insémination artificielle, l’échange de reproducteurs etc… De plus, la qualité réelle de la connexion des troupeaux n’est pas mesurée (par exemple, 4 IA sur 4 campagnes valent mieux que 5 IA sur une campagne).

Pour toutes ces raisons, une nouvelle méthode d’appréciation de la connexion entre troupeaux a vu le jour en 2002, avec les objectifs suivants :

- prendre en compte le plus de facteurs de connexion possible,

- estimer des coefficients de détermination afin de pouvoir graduer la qualité de la connexion entre les troupeaux.

La nouvelle méthode d’appréciation de la connexion

Le but est d’obtenir un " indicateur " de connexion du troupeau, à l’image du CD (coefficient de détermination) de l’animal qui donne la précision de son évaluation. Les évolutions récentes permettent de mesurer la connexion entre les troupeaux, en prenant désormais en considération plus de facteurs de connexion que les simples comptages réalisés jusqu’à maintenant (utilisation de taureaux d’IA non connecteurs, échanges de reproducteurs entre élevages…). La méthode antérieure se trouve affinée ; on n’est plus dans un système tout ou rien.

Principe d’estimation du CD de comparaison

Le principe réside dans l’estimation d’un coefficient de détermination (CD) de comparaison entre 2 troupeaux sur les 4 dernières campagnes. Ce CD permet de graduer la qualité de la connexion de 2 troupeaux entre 0 et 1. Plus on tend vers 1 et plus les valeurs génétiques estimées des 2 troupeaux sont comparables.

Tous les troupeaux sont donc comparés deux à deux, d’où l’obtention d’un ensemble de CD de comparaison. Sur cette base, les troupeaux sont classés selon leur degré de connexion au reste des troupeaux. Une hiérarchie est alors établie entre les troupeaux, des mieux connectés aux moins bien connectés. Un réseau de connexion se met en place

Pour cela, un "critère d'admission au rang des troupeaux connectés" (CACO), qui varie de 0 à 1, est utilisé. Le CACO correspond à la valeur du CD de comparaison qui permet à deux élevages de rentrer dans le réseau de connexion. A chaque élevage correspond dont un CACO et un rang d’admission. Lorsque le CACO est de 0, le troupeau n'est pas comparable aux autres troupeaux. Par contre, s’il est de 1, le troupeau est totalement comparable aux autres troupeaux déjà considérés comme connectés.

Pertinence des résultats obtenus

Cette méthode, avec l’apparition du CACO, permet de mesurer la qualité des liens génétiques qui unissent les troupeaux entre eux. Elle permet d'identifier les troupeaux qui ne réalisent pas suffisamment d'IA de taureaux connecteurs ; mais qui sont cependant bien ou très bien connectés génétiquement en réalité (utilisation de fils de taureaux d’IA, échanges de reproducteurs entre troupeaux, etc…).

Les deux avantages principaux de cette méthode sont que :

- Les troupeaux sont hiérarchisés des plus comparables aux moins comparables. Les CACO seront publiés sur sur les BGTA et FIVA.

- Les sources de connexion plus diffuses, comme l'échange de reproducteurs et/ou l'utilisation de taureaux d'IA non connecteurs, sont maintenant prises en compte. Ces données supplémentaires ont permis d’évaluer des nouveaux taureaux dans des élevages non connectés ou mal connectés jusqu’à maintenant.

Applications concrètes

- Si un troupeau a un CACO supérieur ou égal à 0,40, alors ses 4 dernières campagnes seront déclarées connectées.

- Si ce troupeau a un CACO inférieur à 0,40, seules les campagnes contenant au moins 5 produits de taureaux connecteurs contrôlés et évalués seront considérées connectées (anciennes normes). Il en est de même pour les campagnes plus anciennes (avant 1998).

On ne peut pas garantir à priori la valeur du CACO. Si un éleveur souhaite assurer de façon quasi certaine la connexion de son troupeau, il doit réaliser suffisamment d’IA avec des taureaux connecteurs, afin de disposer d’au moins 5 de leurs produits pesés, pointés et pris en compte dans l’indexation de la campagne considérée, comme c’est le cas jusqu’à maintenant.

Seuls les index des taureaux connus, actifs et connectés seront publiables. Concernant les règles de connaissance établies à 25 produits (index ISEVR) et 15 filles et 25 produits (IVMAT), elles restent inchangées. De plus la connexion des taureaux sera toujours établie sur la base de 10 produits contrôlés au sevrage et évalués dans un ou plusieurs troupeaux campagnes connectés.

Les règles de publication restent inchangées : si le troupeau est connecté sur au moins une des 4 dernières campagnes (en appliquant les normes ou le calcul du CACO), il est considéré comme comparable au niveau racial.

Les performances d’un animal sont sous l’influence de facteurs génétiques et de facteurs liés au milieu. Le sélectionneur a besoin de connaître précisément l’estimation de la part génétique seule transmissible à la descendance, pour effectuer le choix des animaux destinés à la reproduction. Aujourd’hui, les performances des animaux prises en compte dans l’évaluation génétique sont réalisées dans des conditions de milieu très différentes (zones géographiques, âge des reproducteurs…).

Il est donc nécessaire, pour pouvoir comparer les valeurs génétique des animaux, de s’affranchir des effets du milieu sur les performances. C’est ici que la notion de connexion prend tout son intérêt.

Prenons l’exemple de deux dispositifs. Dans les deux cas, la descendance de 4 taureaux est répartie dans 4 élevages différents.

Prenons l’exemple de deux dispositifs. Dans les deux cas, la descendance de 4 taureaux est répartie dans 4 élevages différents.

L’intérêt de la connexion

Les performances d’un animal sont sous l’influence de facteurs génétiques et de facteurs liés au milieu. Le sélectionneur a besoin de connaître précisément l’estimation de la part génétique seule transmissible à la descendance, pour effectuer le choix des animaux destinés à la reproduction. Aujourd’hui, les performances des animaux prises en compte dans l’évaluation génétique sont réalisées dans des conditions de milieu très différentes (zones géographiques, âge des reproducteurs…).

Il est donc nécessaire, pour pouvoir comparer les valeurs génétique des animaux, de s’affranchir des effets du milieu sur les performances. C’est ici que la notion de connexion prend tout son intérêt.

Prenons l’exemple de deux dispositifs. Dans les deux cas, la descendance de 4 taureaux est répartie dans 4 élevages différents.

Prenons l’exemple de deux dispositifs. Dans les deux cas, la descendance de 4 taureaux est répartie dans 4 élevages différents.

DISPOSITIF 1 DISPOSITIF 2
Comparer les pères 1 et 2 est possible, puisqu’ils ont des descendants dans le même élevage (tout comme les pères 2 et 4 et les pères 3 et 4). Indirectement, les pères 1 et 4 sont également comparables, puisqu’ils peuvent tous les deux être comparés au père 2. Le dispositif est dit connecté

Ici, il est impossible de comparer la valeur génétique des pères 2 et 3. La répartition des informations dans les élevages n’est pas adéquate. Le dispositif n’est donc pas connecté. Par contre, les pères (et les élevages) 1 et 2 d’une part, et 2 et 3 d’autre part, sont comparables deux à deux.

La qualité d’un dispositif dépend à la fois d’un aspect structure (répartition des descendants des pères dans les élevages) et d’un aspect volume (nombre de descendants des pères dans les élevages).